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C'est l'effervescence à Presto car une inspectrice est de passage. Mais un accident survient et ruine le théâtre. Daniel va pouvoir vendre le Manoir.
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Kurt Dendedragon est au Manoir pour le tournage d'un documentaire sur sa carrière. Alors qu'il effectue un tour, Tonnerre disparaît. Dylan part à sa recherche.
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MacGyver, Jack et Bozer tentent de retrouver Riley qui, en piratant le réseau informatique de la NSA, a mis en danger les relations sino-américaines.
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De retour dans sa ville natale avec son équipe, MacGyver se lance à la recherche de Valerie, une petite prodige qui a été enlevée.
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Mac se rend à Porto Rico pour venir en aide à un ami dont la maison a été endommagée par un ouragan. Lors du braquage d'une banque, il est pris en otage.
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A bord de leur jet, MacGyver et l'équipe tombent sur un avion privé dont le pilote, qui volait avec son jeune fils, a été victime d'une crise cardiaque.
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Le général John Acosta recrute MacGyver. Il le charge de voler un projet top-secret d'un laboratoire militaire, afin de trouver des failles dans sa sécurité.
